La Fiscalía General del Estado abrió una investigación previa por supuesto peculado a 11 exfuncionarios del gobierno anterior, derivada del informe con indicios de responsabilidad penal que la Contraloría remitió sobre el endeudamiento público. La investigación incluye al expresidente de la República, Rafael Correa Delgado. El organismo de control publicó el 10 de abril del 2018  el informe final sobre la contratación y uso de los recursos públicos provenientes de la deuda externa e interna por el período comprendido entre el 2012 y mayo del 2017.

La mayoría de los presuntos casos de corrupción que detectó la Contraloría General del Estado se habrían cometido en los Gobiernos Autónomos Descentralizados (GAD) y en la Corporación Aduanera Ecuatoriana, que ahora se denomina Servicio Nacional de Aduanas. Así lo determinó un documento elaborado por la Fiscalía General, basado en los informes con indicios de responsabilidad penal que recibió del organismo. Según ese documento, de 1.293 informes que llegaron a la Fiscalía en los últimos seis años, el 57 % (737 casos), corresponde a investigaciones por supuesto peculado.